Στο πλαίσιο της τεκμηρίωσης των συλλογών ξεκίνησε ένα φιλόδοξο πρόγραμμα τρισδιάστατης σάρωσης επιλεγμένων αντικειμένων των συλλογών του Μουσείου. Σκοπός είναι η δημιουργία ψηφιακού αρχείου, ως τεκμήριο των αντικειμένων στη σημερινή τους κατάσταση, η παρουσίαση στο κοινό τρισδιάστατων αναπαραστάσεων, καθώς και η χρήση του ψηφιακού υλικού για ερευνητικούς σκοπούς. Η διαδικασία της σάρωσης πραγματοποιείται είτε με έγχρωμο σαρωτή laser, είτε με τη μέθοδο της φωτογραμμετρίας.

Τρισδιάστατα ψηφιακά μοντέλα που προέκυψαν από το πρόγραμμα, έχουν χρησιμοποιηθεί στην υποστήριξη εκθεσιακών δράσεων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, όπως στις αναπαραστάσεις Κορών στην Αίθουσα της Αρχαϊκής Ακρόπολης και ιππέων της δυτικής ζωφόρου στην Αίθουσα του Παρθενώνα. Τέλος ορισμένα τρισδιάστατα μοντέλα έχουν χρησιμοποιηθεί στην παραγωγή γύψινων εκμαγείων.